Üniversitemizin Fen Bilimleri Enstitüsünde Anabilim Dalı olarak açılan ve ilk yüksek lisans öğrencilerini 2003–2004 Güz döneminde alan Biyomühendislik Bölümü 2007 yılında Doktora programını açmış olup Kimya Metalürji Fakültesi bünyesinde 2007-2008 akademik yılından bu yana lisans eğitimine devam etmektedir. Devlet üniversiteleri arasında açılan ilk Biyomühendislik bölümlerinden biridir.

Bölümümüz bünyesindeki öğrenciler için bilgisayar laboratuvarı, seminer odası ve derslikler bulunmaktadır. Bölümümüzde, 10 adet araştırma laboratuvarı vardır. Bölümümüzde sürdürülen araştırma faaliyetleri dahilinde biyopolimerler, yapay aşılar, enzim stabilizasyonu ve regülasyonu, enzim reaksiyonları, DNA ve ilaç taşıyıcı sistemler, ilaç tasarımı, biyomalzeme geliştirilmesi ve karakterizasyonu, gen klonlama ve protein mühendisliği, biyosensörler/biyoçipler, tıpta tanı yöntemlerinin geliştirilmesi, hücre kültürü ve doku mühendisliği, kök hücre çalışmaları, kemoterapi ve kriyoprezervasyon konuları çalışılmaktadır.

Modern cihazlarla donatılmış olan laboratuvarlarımızda kamu ve özel sektörün talep ve ihtiyaçlarına yönelik, DPT, TÜBITAK, TAGEM, HORİZON, YTÜ Araştırma Fonu ve uluslararası destekli projeler çerçevesinde çalışmalar yürütülmektedir. Biyomühendislik bölümünde  500'den fazla lisans, 100'den fazla yüksek lisans ve doktora öğrencisi eğitim görmektedir. Bölümümüzde halen 19 öğretim üyesi, 10 araştırma görevlisi, 2 idari personel ve 1 yardımcı hizmetli görev yapmaktadır.